Zur umfassenden Analyse der Kommunikationsnetzwerke innerhalb der chemischen Synapse muss die Gesamtheit aller an synaptischen Strukturen vorhandenen Proteine betrachtet werden.
Um diesem Ziel näher zu kommen, haben wir eine Datenbank (SynProt) aufgebaut, welche größtenteils auf Proteomdaten aus verschiedenen, biochemisch isolierten Präparationen der postsynaptic density (PSD) basiert.  Die PSD-Datenbank enthält momentan fast 3000 nicht-redundante Einträge von Ratten-, Maus- und einigen menschlichen Proteinen. Diese wurden manuell aus wissenschaftlichen Publikationen extrahiert und auf ihre synaptische subzelluläre Lokalisation getestet. Außerdem wurden weitere Proteine hinzugefügt, deren Vorkommen in der PSD als gesichert gilt. Alle Einträge werden manuell von Experten begutachtet, um sie funktionellen Kategorien zuzuordnen und um Kontaminanten zu eliminieren.  SynProt ist mit anderen öffentlichen Datenbanken verbunden (z. B. PubMed) und enthält weitere strukturierte Informationen in einem maschinenlesbaren Format für eine einfache automatische Analyse.
 

SynProt kann zu akademischen Zwecken getestet werden.